给排水科学与工程专业属于土木工程一级学科的市政工程二级学科。东南大学市政工程学科的发展可以追溯到20 世纪20 年代国立东南大学时的市政门和20 世纪40 年代中央大学土木系卫生工程组。现拥有市政工程硕士点、博士点和博士后科研流动站；设有江苏省水处理与生态修复工程中心，具有国内一流的教学与实验条件。

给排水科学与工程专业教师全部具有博士学位，60% 以上拥有海外研学经历，国际化水平高。近年来，先后承担了一批国家“863”专项、“973”高技术、科技支撑计划、国家自然科学基金项目的研究，在城市污水处理与资源化、城市水环境规划与综合整治、城市固体废弃物处理处置与资源化，以及雨水收集利用等方面的研究居国内领先水平；与美国、英国、日本、澳大利亚、香港等地的多所大学和研究机构有着良好的合作和对口交流关系。