生物工程在生物制药及相关生物产业领域展现出巨大的活力和极其诱人的应用前景,以生物工程（基因工程、细胞工程与酶工程、发酵工程与生化工程）为基础的生物制药行业已成为未来医药产业中发展最快、活力最强和技术含量最高的领域。生物工程专业是在我校完备的生命科学类人才培养体系基础上，适应21世纪生命科学及技术发展趋势，应对江苏乃至国家生物制药新兴产业发展要求设置的专业，2009年起按一类本科批次招生（工科）。

生物工程专业的培养目标是： 具有良好的综合素质、 宽厚的专业知识基础、突出的应用实践能力和较强的创新能力, 能够适应生物医药产业发展需求的应用型精英技术人才。本专业的人才培养特色 “厚基础、高素质、强能力”，即“宽厚的生命科学专业知识基础，良好的人文素养，较强的实践创新能力”。

生物工程专业毕业生主要就业去向为医药及相关行业的企事业单位，从事技术、管理、销售等工作。希望进一步深造的优秀学生可通过保送或考研进入国内外著名大学和研究机构继续研究生学习。