生物工程专业分三个方向（发酵工程、生物制药和环境生物工程），培养掌握生物技术及其产业化、工程设计及生产工艺流程等基本理论和实践操作技能，能在生物工程领域从事生产、设计、管理和新产品开发的高级专门人才。主要课程有：有机化学、物理化学、植物学、动物学、生物化学、微生物学、分子生物学、化工原理、发酵工程、工程制图、工程力学、生物工程设备、酶工程、蛋白质工程、生物工程下游技术、生物制药、氨基酸工艺学、酿酒工艺学、天然药物化学、药物分析等。毕业生适合到生物工程及相关的工厂、企业、科研院所、生物制药、食品、商检、环保、高校以及国家各级有关部门从事生产、设计、科研、管理和教学等工作。