学生入学后经过一段时间的学习，根据自身的兴趣和情况可以选择不同的专业方向，包括畜产品加工、发酵技术和园产品加工三个方向，相应的课程设置分为专业基础课程和专业课程，专业课程按三个不同方向设置。

专业基础课程平台：食品化学、食品分析、物理化学、食品工程原理、食品营养、食品生物化学、食品微生物学、食品机械基础、机械制图与测绘、食品机械与设备、食品试验设计与数据处理。

　　畜产品加工方向主干课程：乳品科学与技术、肉品科学与技术、蛋品科学与技术、功能性乳制品、畜禽副产物综合利用。

　　发酵技术方向主干课程：发酵食品加工、酶工程、葡萄酒工艺学、酿造酒工艺学、白酒酒精工艺学、有机酸工艺学。

　　园产品加工方向主干课程：园产品加工学、园产品贮藏运销学、软饮料工艺学、葡萄酒工艺学、园艺商品学、野生植物资源及加工技术。

　　食品科学与工程专业毕业生具有稳定的实习基地30余个，食品科学与工程专业就业方向广泛，近三年平均就业率在92% 以上。畜产品加工方向毕业的学生能胜任乳品加工企业、肉制品加工企业等畜产品加工企业的生产技术、管理、产品检验分析、新产品研发等工作。发酵技术方向毕业的学生能胜任发酵食品加工企业、啤酒加工企业、白酒酒精加工企业、各种果酒加工企业的生产技术、管理、产品检验分析、新产品研发等工作。园产品加工方向毕业的学生能胜任果蔬的贮藏保鲜、果蔬产品加工企业、各种果蔬饮料加工企业、果酒加工企业等单位生产、管理、分析的科研等工作。此外，上述方向毕业生还能胜任与专业相关的公务员岗位。