数学系是惠州学院建系最早、规模较大的系之一，创建于1978年秋，前身是惠阳师范专科学校数学系。从1997年起开始与华南师范大学联办数学本科班，现已有三届毕业生。2000年3月惠州学院升格为本科院校后，数学系是惠州学院首批招收本科生的教学系之一。建系二十多年来，数学系的三千多名本、专科毕业生遍布广东省，已成为东江地区乃至广东省中学数学教学的骨干力量。
　　??数学系现有教职工25人，全日制在校生453人，函授生350人。系下设函数论、代数几何、数学教育、信息科学四个教研室。开办“数学与应用数学”一个专业，两个培养方向：“数学教育”及“信息管理”。
　　数学系教学作风严谨，各项管理规范，学术气氛浓厚，科研成果突出，拥有一支师德高尚、专业素质优良，教学、科研水平较高的师资队伍，在23名专任教师中，有教授1人，副教授10人，青年教师中有硕士6人。1995年以来，教师中有一人享受国务院特殊津贴，有一人评为全国优秀教师，有四人评为南粤优秀教师和南粤教坛新秀，有一人荣获曾宪梓优秀教师奖，数学系是惠州市师德先进单位，教工党支部是广东省普通高等学校先进基层党组织。1997年以来，全系承担或参与完成的国家、省、厅科研项目6项，院级科研项目17项，近六年来，全系教师在国内外学术刊物发表论文120多篇，其中有12篇论文被《SCI》和《EI》收录，近50篇被《MR》和《Zbl》收录；有一项科研成果荣获广东高校科技进步奖三等奖。
　　数学系非常重视本科基础教学，积极进行重点学科和重点课程建设，1999年，数学系的基础数学学科被确定为惠州学院的重点（扶持）学科，1998年，“高等代数”课程被评为省级重点课程。