制药工程专业为校级重点建设专业。本专业培养掌握中药制药、药物合成、产品质量控制等方面基本知识和基本技能，具备药物生产、新药研发、工程设计等基本素质，具有实践动手能力和一定创新能力、适应现代制药行业发展需求的应用型人才。
主干课程包括有机化学、物理化学、分析化学、化工原理、化工制图、制药分离工程、制药工程学、中药化学、药理学、药剂学、药物化学、药物合成反应、药物分析等。
制药工程专业重视学生动手能力的培养，重视实践教学条件建设与改善。在哈尔滨、长春、大庆等城市的大中型企业建立校外实习基地10余个，保证了制药工程专业拥有自己稳定的教学实习基地。学生历年就业率在91%以上。
本专业课程体系覆盖了国家执业药师考试所有科目，毕业生择业面宽广，可在制药、药物分析检验和生物化工等相关科研院所、高等院校、医药企业、药品监督行政管理部门、对外经济贸易公司等企事业单位从事与本专业相关的教学、研究、设计、开发、经营及管理等工作；也可自主研发药品，独立建厂创业，及报考相关专业研究生。
