生物工程专业是培养具有生命科学的基础理论、生物技术及其产业化的基本原理及工程工艺技术过程，能够在生物工程与产业发展领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。该专业设有生物工程专业硕士学位授权点，拥有生命科学国家级实验教学示范中心，仪器设备先进，教学资源丰富。开设的《遗传学》是国家精品课程、《生物化学》为河南省精品课程、《普通生物学》为国家双语示范课程;遗传学教学团队为国家级教学团队。教师队伍中包括博士生导师9人，教授25人，近70%的专业教师具有博士。

该专业在注重向学生传授理论知识的同时，更加重视学生工程工艺技术及实践能力的培养，注重学生一线实践能力的锻炼和对生物相关产业和产品的开发意识和能力。在基础和基本理论课程的基础上，设置了师资型、发酵工程、环境生物工程和食品工程模块，拓宽了学生就业渠道。同时通过两个学期的实习实践培养学生实践创新能力和就业竞争力。

本专业业开设的主要课程有：普通生物学，微生物学、生物化学、工程制图、化工原理、发酵工程、基因工程、酶工程、细胞工程、生物分离与反应工程、电子电工学、生物工程设备与设计等40余门。